O Hospital da Criança de Brasília José Alencar (HCB) foi construído para, de acordo com os princípios do Sistema Único de Saúde (SUS), ser uma unidade hospitalar terciária, integrada à rede pública de saúde do Distrito Federal. O HCB é administrado por meio de parceria entre a Secretaria de Saúde do Distrito Federal (SES/DF) e o Instituto do Câncer Infantil e Pediatria Especializada (Icipe).
O Contrato de Gestão (CG) nº 001/2011, instrumento que materializa a parceria, foi celebrado em 28/06/2011 e estipula, entre outros, metas de produtividade e de qualidade a serem observadas na gestão das ações de assistência à saúde realizadas no Hospital da Criança de Brasília José Alencar.
O CG 001/2011 dividiu o primeiro ano de gestão do HCB em distintas etapas. A primeira, de 90 dias, foi destinada à organização, constituída, resumidamente, por atividades de composição e contratação de equipes, aquisições de equipamentos e insumos e definição de processos básicos de fluxo. Após esse período, previu-se o início das atividades assistenciais, em três fases de implantação, contemplando o aumento progressivo dos quantitativos e da diversidade de serviços oferecidos.
Obedecendo o cronograma de abertura, o atendimento aos pacientes teve início em 26/09/2011, com consultas médicas de Oncologia e Hematologia. Uma semana depois, em 03/10/2011, os serviços do Ambulatório de Especialidades Pediátricas do Hospital de Base do Distrito Federal (HBDF) foram transferidos para o HCB, respeitando as agendas já marcadas. Já a internação permaneceu sendo realizada no HBDF. Apenas o Núcleo de Oncologia e Hematologia Pediátrica do Hospital de Apoio de Brasília, em regime ambulatorial e de internação, foi transferido ao HCB.
No dia 23/11/2011, foi realizada a cerimônia de inauguração oficial do HCB, que contou com a presença do governador, ministro da Saúde e secretário de Estado de Saúde, dentre outras autoridades.
Em 17/02/2014, foi assinado o Contrato de Gestão (CG) SES nº 001/2014, publicado no Diário Oficial do Distrito Federal em 20/02/2014.
Em 20/09/2019, foi assinado o Contrato de Gestão SES nº 076/2019. Atualmente em vigência, é válido por cinco anos.
