Por ser de especialidades pediátricas, o Hospital da Criança de Brasília José Alencar (HCB) não tem emergência. A criança ou adolescente, atendida em um posto de saúde ou hospital da rede, que precise de consulta especializada, será encaminhada pelo pediatra para marcação de consulta no sistema da Central de Regulação SES/DF.
O HCB oferece vagas em quase todas as especialidades pediátricas para consultas; as especialidades matriz são: alergia/imunologia, cardiologia, cirurgia pediátrica, endocrinologia, gastrohepatologia, nefrologia, neurologia, pneumologia, oncohematologia, reumatologia e urologia.
O Hospital também conta com as especialidades de apoio: anestesiologia, dermatologia, genética, ginecologia infanto-puberal, infectologia, psiquiatria da infância, cirurgia vascular, ortopedia oncológica, cirurgia oncológica, cirurgia torácica, médico da dor, radiologia, radiologia intervencionista, otorrinolaringologisa e oftalmologia.
Atende também em: hemodiálise, diálise peritoneal, fisioterapia, fonoaudiologia, psicologia, musicoterapia, terapia ocupacional, odontologia, farmácia, nutrição, enfermagem e serviço social, exames laboratoriais e de imagem (Ecografia – com e sem doppler –, Ecocardiograma Transtorácico, Raio-X Digital e Tomografia Computadorizada Multislice de 64 canais), Endoscopia Digestiva Alta e Colonoscopias, Eletroencefalograma, Potencial Evocado, Eletroneuromiografia, Espirometria, Tilt-Test, Teste de Esforço, Holter, MAPA, Curvas Hormonais, Phmetria Esofágica, Eletrocardiograma.