A estrutura física do Hospital da Criança de Brasília José Alencar (HCB) é composta por 29 mil m² de área construída, projetada para oferecer um ambiente humanizado e adequado à faixa etária atendida. O HCB tem 30 consultórios médicos e 202 leitos de internação (sendo 30 de UTI pediátrica e 18 de cuidados intermediários), centro cirúrgico (com cinco salas cirúrgicas de médio e grande porte) e uma área de Ensino e Pesquisa, bem como hemodiálise, hemoterapia, quimioterapia e serviço de imagem, entre outros serviços.

O tema da ambientação escolhido é: "uma viagem de trem pelos biomas do Brasil". Portanto, cada ala é denominada como "estação" – a Unidade de Internação, por ter como tema o litoral brasileiro, se divide internamente em diferentes animais.

Vista aérea do HCB – imagem produzida pela Organização Mundial da Família (WFO):