O Hospital da Criança de Brasília José Alencar (HCB) mantém sua certificação de "Acreditado com Excelência", conferida pela Organização Nacional de Acreditação (ONA). Esse é o nível mais alto da certificação, que reconhece instituições de saúde que atingem padrões elevados de segurança, qualidade e gestão integrada, além de considerar que a cultura organizacional busca a melhora contínua.
O Hospital alcançou essa classificação em 2020, sendo o primeiro Acreditado com Excelência da rede pública do Distrito Federal. Em novembro de 2022, o HCB voltou a ser avaliado: a reconfirmação, em 2022, é resultado da seriedade do trabalho realizado por todos que constituem o Hospital.